Действие книги происходит в 1960-х годах в деревне Матёра, расположенной на одноимённом острове посередине реки Ангары.В связи со строительством Братской ГЭС деревня должна быть затолена, а жители переселены.

Многие люди не хотят оставлять Матёру, в которой провели всю свою жизнь. Это преимущественно старики, принимающие согласие на затопление деревни как измену предкам, похороненным в родной земле. Главная героиня, Дарья Пинигина, белит свою избу, которую через несколько дней предаст огню санитарная бригада, и не соглашается, чтобы сын перевёз её в город. Старушка не знает, что будет делать после гибели деревни, боится перемен. В аналогичной ситуации находятся другие старики, которые уже не в состоянии привыкнуть к городской жизни. Сосед Дарьи, Егор, вскоре после отъезда в город умирает, а его жена, Настасья, возвращается в Матёру.

Гораздо легче переносит прощание с родной землёй молодёжь - внук Дарьи, Андрей, или её соседка, Клавка. Молодое поколение верит, что в городе найдёт лучшую жизнь, не ценит родной деревни.

Книга повествует о борьбе старой и новой жизни, традиций и современной техники. Старую жизнь символизирует фантастический персонаж - Хозяин Острова, "маленький, чуть больше кошки, ни на кого другого зверя не похож зверёк", дух, который охраняет деревню и гибнет вместе с ней, а также царский листвень, мощное дерево, которое санитары-поджигатели так и не смогли ни свалить, ни сжечь.